伊豆群島大黑島噴火三個月後，第五八幡丸在暴風雨中遇難，隔日這艘船被記者牧發現，他走進這艘船，卻發現船員們並非死於暴風，而是遭遇一場恐佈的屠殺。當他搜索船艙時，他被一隻巨大的海蝨襲擊，還好千鈞一髮之際，海蝨被倖存的船員奧村殺死了。奧村告訴他在暴風雨期間，他看見一隻巨大生物從海中浮起，不久之後，船內便充滿了海蝨。他們倆被海岸巡邏隊的直昇機救回。稍後在醫院，經由照片，奧村指認出他所見到的生物就是哥吉拉-事隔30年，哥吉拉又回來了!!

   為避免恐慌，政府保守住哥吉發再度出現的秘密。但是哥吉拉又攻擊了蘇聯的核子潛艇，蘇聯不知，控訴美國是主謀，世界瀕臨戰爭邊緣，日本人不得不公開哥吉拉出現的消息。於是日本緊急對策本部設立，國際協商會在東京召開，討論防禦哥吉拉的戰略。美國與蘇聯皆堅持在哥吉拉未上陸前使用核子消滅牠，但三田村首相根據日本的反核原則斷然拒絕。

    哥吉拉突然在靜岡縣井濱核能發電廠出現，將反應爐拔起吸收輻射能。但是當一群鳥飛過牠頭頂時，哥吉拉由於某種原因隨著鳥群離開當地。小時候曾在1954年哥吉拉東京上陸時遭受喪親之痛的生物學家林田被指派研究，他發現哥吉拉會被鳥群所發出的聲音吸引。於是他建造了音波發生器，頻率與可吸引哥吉拉的頻率相同，準備引誘哥吉拉。

    哥吉拉突然在東京灣出現，在自衛隊作戰期間，哥吉拉波及到蘇聯控制太空核飛彈發射的基地船，系統損壞，由太空核彈朝東京射來。蘇聯當局緊急通知日本，而美國同意發射另一飛彈攔截。

    同時哥吉拉進入東京，將銀座與有樂町破壞，轉向新宿；直到牠遇到日本的秘密武器--「超級X」。這是設計為一旦發生核子戰爭時所建造的，表面的鈦能耐高溫抵擋哥吉拉的熱線，還能發射劇毒的鎘飛彈到牠的嘴裡。飛彈很快發生作用，哥吉拉倒下了。當哥吉拉快死時，美國與蘇聯的核子飛彈在東京上空的同溫層爆發，突然的核能閃電使得哥吉拉甦醒，超級X以它的雷射與飛彈攻擊，然而完全無效。新宿超高層大樓倒下，哥吉拉是這城市的主宰。

    音波發生器在最近極為活躍的火山-大島三原山週邊建造完成，開始誘導哥吉拉。於是哥吉拉被引誘，掉進火山裡頭。