平成十三年(2001) 12月15日公開

片長:105分鐘

觀賞人次:240萬人

哥吉拉............吉田瑞穗
基多拉國王.....大橋明
巴拉剛............太田理愛
摩斯拉
立花由里.........新山千春
立花泰三.........宇崎龍童
武田光秋.........小林正寬
門倉春樹.........佐野史郎
丸尾淳............仁科貴
江森久美.........南果步
三雲勝將.........大和田伸也
日野垣真人......村井國男
廣瀨裕.............渡邊裕之
小早川.............葛山信吾
崎田................中原丈雄
宮下................布川敏和
官房長官.........津川雅彥
伊佐山嘉利.....天本英世

監督..........金子修介
腳本..........長谷川圭一　橫谷昌宏　金子修介
音樂..........大谷幸
撮影..........岸本正廣
美術..........清水剛
錄音..........齊藤禎一
照明..........栗木原毅
編集..........富田功
助監督.......村上秀晃
制作擔當...前田光治
特殊技術...神谷誠
撮影..........村上聰
特美..........三池敏夫
照明..........齊藤薰
造形..........品田冬樹
特效..........久米攻
操演..........根岸泉
助監督......菊池雄一
制作進行..川田尚廣
VFX.........松本肇

 美國原子潛艦在關島海面失去連絡，日本防衛軍接到美方請求支援那出動兩艘放射能探測艇「薩摩」前往救援，過程中，廣瀨中佐目擊到一頭長有巨大發光背翅的生物，同時另一艘薩摩也被這怪物摧毀。
         面對日本防衛軍因過度自信而輕視哥吉拉出現的徵兆，1954年哥吉拉東京上陸時失去雙親的立花准將抱持著不安的情緒。同時，日本各地陸續發生奇異現象，新瀉縣妙高山太田理切隧道崩塌，活埋了約20名暴走族、鹿兒島池田湖有11名不良少年被巨大的繭包覆而死，這些都指向與巨大生物有關係。BS電視台Digital Q節目主持人立花由里根據同事武田提供的日本古代傳說「護國聖獸傳記」發現，這些不明事故的地點與聖獸『婆羅護吽』及『最珠羅』沉睡的地點十分接近。由里於是前往書上所說聖獸『魏怒羅』沉睡的富士樹海採訪，卻遇見神秘的老人伊佐山。伊佐山向由理表示，哥吉拉的威脅迫近了!(哥吉拉是二次大戰期間戰死人民怨念所生的集合體)但三聖獸會甦醒過來保護日本。
         伊佐山的預言成真，巴拉貢在本栖警察署附近出現，哥吉拉則先在孫之手島上陸後，又在靜岡縣燒津港登陸，壞滅清水市隨即向東京進攻。巴拉貢前去攔截哥吉拉，牠們在箱根大涌谷展開大戰，但體型較小的巴拉貢根本不是哥吉拉的對手，結果活活被哥吉拉的熱線燒死。但巴拉貢臨死前的叫聲喚醒了沉睡在富士樹海地底的基多拉。
          防衛軍對哥吉拉的攻擊無效，立花准將便向日野垣書記官詢問1954年日本是如何打敗哥吉拉的?日野垣說道:當時有位青年科學家調製了種毒物，才成功擊敗哥吉拉，但目前防衛軍無此能力.........
          池田湖的繭破開，摩斯拉出現。一路向哥吉拉飛去。防衛軍將橫濱定為首都防衛線，立花准將建議應以DO-3削岩彈當做攻擊哥吉拉的主要武器。立花則進入護衛艦會津號進行指揮。
          哥吉拉在橫濱出現，摩斯拉隨即飛抵與牠進行戰鬥，防衛軍按兵不動靜觀其變。突然，地表裂開，基多拉出現，三大怪獸橫濱大戰，立花准將乃下令全軍全面攻擊，但哥吉拉實在太強，在打倒基多拉以後，牠暴怒地用熱線把防衛軍90%的兵力消滅..........接著摩斯拉也被哥吉拉的熱線打敗，全身化為光之粒子，這些粒子包圍住失去意識的基多拉，基多拉復活，千年龍王-王者基多拉誕生!!哥吉拉 對王者基多拉發射熱線，但被基多拉的保護罩擋下而且加強反射回去，橫濱港發生大爆炸，哥吉拉被炸飛進海中，王者基多拉也跟著追下去。
          立花准將捨身駕駛薩摩攜帶著DO-3削岩彈潛下海底加入戰局，他女兒立花由里知道以後，便現場轉播這場大戰，但哥吉拉的熱線卻使橫濱大橋的觀景台毀壞，她[跟武田雙雙落入海中。從海中打到海上，王者基多拉使用最後的必殺光線意圖擊敗哥吉拉，但哥吉在全部吸收後有加強放射回去，王者基多拉不敵，當場發生大爆炸，火燄中出現護國三聖獸的影象，隨即化成光粒子向哥吉拉體內鑽去。在海中等待攻擊機會的立花准將見哥吉拉負傷機不可失，於是駕著薩摩向哥吉拉口中駛去，在牠體內發射削岩彈。
          哥吉拉再度從海中出現，意圖向由里跟武田發射熱線，但熱線卻從削岩彈造成的傷口噴出，一次又一次的熱線噴出使得哥吉拉在發出最後一聲咆哮後沉入海底跟著爆發。奇蹟生還的立花准將向由里敬禮，眾人慶祝著哥吉拉被打敗，然而........哥吉拉不死的心臟還正在海底跳動著.............