成元年(1989) 12月16日公開

片長:105分鐘

觀賞人次:200萬人

哥吉拉............薩摩劍八郎

碧奧藍蒂...........竹神昌央

桐島一人........大田村邦彥

大河內明日香.......田中好子

黑木翔三佐...........高嶋政伸

三枝未希..........小高惠美

權藤吾郎一佐......峰岸徹

白神源壱郎博士.....高橋幸治

白神英理加..........澤口靖子

製作........田中友幸

原案........小林普一郎

監督..............大森一樹

特技監督.......川北紘一

腳本...............大森一樹

音樂...............すぎやまこういち

  哥吉拉在三原山消失以後，超級X的殘骸被回收，日本政府在毀壞的東京內尋找遺留下的G細胞。同時，一個無情牟取暴利的生物工藝學企業聯合所屬的突擊隊也在找G細胞。然而這組織的代理人被殺，細胞也被SSS9，沙拉迪亞共和國所雇用的刺客偷走。中東石油國沙拉迪亞想要發展為農業大國，所以他們計劃利用G細胞中自我再生的力量創造出能在沙漠中生長的小麥。為完成這項計劃，沙拉迪亞從日本找來了著名的白神博士。但是生物工藝學企業聯合炸毀沙拉迪亞的實驗室，銷毀G細胞同時也把白神博士的女兒英理加炸死，遭逢喪女之痛的白神博士黯然回到日本，展開與世隔絕的生活。

    五年後，三原山的火山活動轉趨活躍，少女三枝未希的超能力使政府發現哥吉拉又開始活動。在哥吉拉將再次出現的威脅下，G細胞被從儲藏室拿出，用以研究噬核細菌(ANB)白神博士被請求參加這計劃，然而他拒絕了。但是當三原山爆發損壞他的實驗室以及他重要的玫瑰後，白神很快地重新考慮而同意參與這項計劃。為了保存女兒的生命，五年前白神將英理加的細胞與玫瑰細胞融合在一起，現在，他想要將這些玫瑰都救回來，因此秘密地將G細胞加入玫瑰細胞裡。

    生物工藝學企業聯合發現有製造ANB的這項計劃存在，於是便派了兩個人前往白神博士的實驗室竊取，但這兩個人被同樣也是來找ANB的SSS9擊敗。忽然SSS9三人被一個有觸手的東西攻擊。之前那兩人被殺，SSS9則逃跑了。隔日早上，白神查看他實驗室的損失，調查那有觸手的東西的碎片。看著牆上的大洞，他害怕得發抖，他知道他的實驗造成可怕的錯誤。幾天後，蘆之湖巨大生物碧奧藍蒂出現，牠綜合了人類、玫瑰以及哥吉拉的細胞。

    ANB完成以後，生物工藝學企業聯合恐嚇若不把ANB交給他們，他們就要用炸藥讓哥吉拉從火山出現。就在贖金被不情願地交付時，埋伏的SSS9出現搶走了ANB及雷管。哥吉拉從三原山被放出，朝向東京灣前進。

    哥吉拉在Uraga海峽被超級X2攔截。配備有可反射怪獸熱線的反射鏡，超級X2重創哥吉拉。但是哥吉拉兇猛地攻擊，最後導致反射鏡融化，超級X2失控。此時，哥吉拉感受到碧奧藍蒂，於是牠便轉向前往蘆之湖。哥吉拉輕而易舉地打敗碧奧藍蒂，使牠著火，灰燼散發在天空。

   打敗碧奧藍蒂而在海中消失的哥吉拉最後在大阪灣出現。哥吉拉在城市裡行進時，白神博士及時將ANB復原。經過修理後的超級X2在大阪商業區與哥吉拉正面交鋒，它成功地分散了G的注意力以便ANB從附近的摩天大樓射入哥吉拉體內。超級X2最後還是被哥吉拉集落，哥吉拉在城市無敵地走著，ANB竟神奇地沒發揮功效。

   由於哥吉拉的體溫太低，以致於細菌沒有發揮作用，因此在哥吉拉下個目標，若峽核能發電廠旁，軍隊豎起一片巨大的微波塔，企圖製造閃電為哥吉拉加溫。哥吉拉通過軍隊的攻擊，表面上似乎不受閃電作戰的影響。但是一陣孢子從天降下，突變的碧奧藍蒂由地下出現，經過一番打鬥，ANB終於發揮效果，哥吉拉蹣跚的走開，掉進若峽灣的淺灘。而碧奧藍蒂又變為一個個孢子向天空逸去。

   SSS9暗殺白神博士，但他們在逃跑時，在閃電作用區內被蒸發。力量被明顯消弱的哥吉拉甦醒，若峽灣冰冷的海水降低了牠的體溫，牠笨重地走進海裡，走進不確定地將來。