平成四年(1992) 12月12日公開

片長:102分鐘

觀賞人次:420萬人

哥吉拉............薩摩劍八郎

巴特拉幼蟲........破李拳龍

藤戶拓也.........別所哲也

手塚亞子.........小林聰美

安東健二..........村田雄浩

三枝未希...........小高惠美

土橋龍三...........小林昭二

南野丈二.............寶田明

小美人(Cosmos)..........今村惠子、大澤健

製作................田中友幸

監督..............大河原孝夫

特技監督.......川北紘一

音樂...............伊服部昭

   一顆隕石在小笠原海溝落下，引發了一連串大災難。由於它的落點就在哥吉拉附近，使得防禦機構失去了牠的行蹤；遙遠的北極海裡，一個沉眠了百年的自然力量甦醒，開始在地底移動。南海上的強烈颱風，使得印番特島上，丸友商事砍伐森林計劃的地區山崩，一個巨大的蛋從泥土裡顯露出來。

    考古學家藤戶拓也與前妻手塚雅子還有職員安東奉命前往印番特島調查。他們遇見兩個三十公分高自稱Cosmos的小美人。她們表示，那個蛋是屬於島上守護者摩斯拉的。一萬五千年前，她們的祖先從宇宙來到地球，在氣象控制系統調節下，發展出高度文明。但是地球生命憤怒了，大自然產生黑色摩斯拉-巴特拉。摩斯拉出面保護Cosmos擊敗了巴特拉。但是由於地殼變動，Cosmos與他們的氣象控制系統都被毀滅了。這回摩斯拉的卵突然出現，代表地球又遭遇了生態學的災難，所以宇宙人擔心巴特拉也會再度出現。

    巴特拉真的出現了!!牠的幼蟲從地下出現，破壞名古屋。當摩斯拉的蛋被丸友商事運回，向著日本前進時，哥吉拉出現。於是摩斯拉幼蟲從卵中孵化出來，在哥吉拉用熱線破壞蛋殼以前逃入海裡。兩隻怪獸在海上展開大戰，但被前來插一腳的巴特拉打斷了。巴特拉將摩斯拉推到一邊去，自己緊咬哥吉拉與牠戰鬥。於是發生兩獸的海底大戰，此時，海底火山爆發，牠們便從地殼的裂縫掉入地層裡去了。

     宇宙人被丸友商事的友兼社長誘拐，他想要拿她們當活廣告。Cosmos呼喚摩斯拉前來解救，於是牠便開始朝向日本移動。為了儘速救出宇宙人，摩斯拉橫越東京中心地帶，釀成嚴重災害。當Cosmos平安獲救後，牠才冷靜下來並且離去。同時，軍隊開始對牠砲擊，對其造成傷害。摩斯拉來到國會大樓停止不動，開始吐絲做繭把自己包起來。數小時的沉寂後，美麗的摩斯拉成蟲從繭裡出現。

     同時，巴特拉從海面浮出，改變為成蟲形態並朝摩斯拉方向飛來，同牠挑戰。差不多那時候，富士山爆發，哥吉拉從岩漿中出現。三隻怪獸向橫濱聚集。摩斯拉與巴特拉在天空互相攻擊，直到摩斯拉不支落地。之後，哥吉拉抵達橫濱，巴特拉乃轉向攻擊牠，但畢竟不是牠的對手。於是摩斯拉與巴特拉聯合起來擊敗哥吉拉，並一頭一尾將牠帶到海上。在海上，哥吉拉殺死了巴特拉，所以牠們兩頭怪獸便落入海中，摩斯拉在牠們落海的位置灑下光環，替巴特拉哀悼。

     宇宙人告訴地球人原本巴特拉的任務是，二十世紀末，有一顆隕石會撞擊地球，而牠就是地球的保護者。現在摩斯拉將繼承巴特拉的工作，飛向宇宙使隕石改變航道。