在沖繩島古蹟安豆味城跳舞的舞姬那美，突然見到怪獸侵襲街道的景象而昏倒。考古學者金城牙子在沖繩海洋博物館工地的山洞中發現一座古代島國首護者西薩王的雕像，而在洞的牆壁上書寫著預言，揭示出當一座黑山出現在天空，兩隻怪獸將會摧毀全世界，第三隻整救世界的怪獸將從海底升起。那座雕像顯然是喚醒西薩王的鑰匙，有另一組神秘的小偷也在覬覦它。

    富士山爆發，哥吉拉從中出現，破壞鄉間。安基拉斯出現制止牠的盟友，但是哥吉拉展現出奇怪的舉動，牠攻擊安基拉斯嚴厲地傷害牠，安基拉斯不敵徹退。哥吉拉來到煉油廠，使用熱線將煉油廠變成火地獄。突然，第二隻哥吉拉從海中出現向第一隻挑戰，當牠們沉於近身打鬥時，第二隻哥吉拉把前者手臂皮膚撕掉一塊，顯露出發光的金屬表面。第一隻個吉拉後退一步燒掉自己的外殼，機械哥吉拉出現在真的哥吉拉面前。雙方相互發射、攔截光線，引發大爆炸，哥吉拉受到重創消失在海裡。

   機械哥吉拉由於控制系統也損壞，所以被熱切想要征服地球以從原本垂死行星搬過來的第三惑星人招回。外星人俘虜了宮島博士，以女兒的性命強迫他修復機械哥吉拉。外星人幾個想要搶奪雕像防止西薩王出現的計劃都失敗了。

   科學家及他女兒趁外星人正在發射機械哥吉拉時逃跑，把西薩王雕像放到正確位置後，那美唱起歌祈求西薩王甦醒。西薩王從山裡出現向機械哥吉拉挑戰，但是機器人的武器壓制住對手；另一方面，哥吉拉療傷復原後也趕來沖繩幫忙。國際刑警組織人員滲透入外星人的基地並把首領殺死，兩個地球怪獸得以重新整理對付機械哥吉拉。哥吉拉將機器人的頭扯下並丟到海裡。預言實現了，哥吉拉回到海裡，西薩王也回到山洞等待下次再來保護地球....如果需要的話。