西元1999年，所有的地球怪獸被收集並監禁在小笠原島上，與人類和平共處。怪獸們被特殊的儀器限制只能在島上行動，而主控基地在島的地下。牠們居處融洽以捕食島上的野生動物為生。一日，奇怪的災害降臨島上，一種黃色的瓦斯籠罩全島，控制中心的人與怪獸統統不省人事。

   幾天後，怪獸突然在世界各地出現破壞大都市，哥吉拉攻擊紐約(跟'98年酷斯拉一樣)、拉頓飛臨莫斯科、摩斯拉爬進北京、哥羅恐龍從巴黎凱旋門地底冒出.......全球大城只剩下東京倖免於難。

   登月船SY-3從月球被招回去調查怪獸島上的事故。太空船在控制中心裡頭降落，船員們發現原來基拉克斯星人已經掌握控制中心，他們操縱怪獸攻擊城市意圖接管地球。經過一場槍戰，船員拯救出控制中心的指揮官。

   在基拉克斯星人的控制下，被救出的指揮官拒絕合作並自殺了。解剖指揮官時，外星人的控制儀器被發現植入他的頭蓋骨中。這個發現導致遍佈在世界各地潛伏，被外星人控制的人被揪了出來。

   在世界各地的怪獸將注意力轉向日本，同時外星人在富士地區建造了一個基地。為達成目的，東京遭受怪獸最大的侵襲；由哥吉拉領軍，拉頓、摩斯拉與曼達也加入。牠們聯合起來的威力使得東京在短時間內被夷為平地。而聯合國在富士的反擊計劃也被哥吉拉與安基拉斯打得落花流水。

   另一方面，經由分析儀器後發現，外星人的控制訊號是由月球發出的，於是SY-3被派遣至月球滲透入外星人的基地，破壞控制儀器。當SY-3著陸在月球火山口時，外星人解開陷阱，太空船沒入火中。一個突擊小隊成功地離開太空船潛入基地，把大火關起。在基地裡，船員們發現外星人無法在高溫中生活，否則會回復到休眠狀態的石頭。控制怪獸的儀器被拿回地球。

   於是乎，地球怪獸被集合在富士山腳，攻擊外星人的基地....哥吉拉、拉頓、摩斯拉、安基拉斯、哥羅恐龍、巴瑞、巴拉剛、曼達、庫摩加以及迷你拉等10大怪獸整裝待發。眼看就要輸了，外星人搬出最後的王牌:國王基多拉!!但是雖然牠很努力的與地球怪獸奮戰卻仍終究不敵， 最後土地裂開一個大洞，被打得半死的國王基多拉便掉下去了。

    忽然，一隻全身著火的怪獸出現在天空向地球人的控制中心攻擊，此時哥吉拉感受到威脅，自己將外星人基地破壞，使得他們呈現冬眠型態。SY-3前去迎戰那隻著火的怪獸，這才發現它是外星人的飛碟。最後，飛碟被毀，怪獸們又返回小笠原島了。