良太相信在南洋遭遇海難的哥哥彌太仍然平安無事，一心想要擁有一艘船到南海去找他。當時正逢持久跳舞大賽，第一名獎品正是艘遊艇，於是他便試圖去參加，但由於報名時間已過而徒勞無功。在大會現場他認識了市野與仁田，他們便一同去海邊看遊艇，在隨便挑選的船上，他們遇到搶金庫逃亡的吉村。夜晚，良太趁其他三人熟睡時偷偷將船開出海，向南太平洋前進。

   一日，他們的船在南太平洋遭遇暴風，四人紛紛落海，漂流到附近的一座島上，他們在那裡目擊到一隻巨大龍蝦伊比拉以及謎樣的陰謀團體「赤之竹」強制勞動原住民的暴行。在一位逃出紅竹的女性原住民幫助下，他們潛入紅竹的基地調查，發現一個重水工廠，結果不小心被守衛發現了，在一片慌亂中，良太隨手抓了個氣球往天空飄去，隨後墜落在印番特島上，他在島上遇見失散的哥哥彌太。良太把所見報告給印番特的原住民知道，於是原住民們便唱起歌祈求摩斯拉甦醒拯救他們的同胞。

   另一方面，逃避追捕的其他人偶然闖進一個海邊山洞，發現哥吉拉就在那個洞裡沉睡。於是夜裡他們便利用閃電將哥吉拉喚醒；哥吉拉一走出山洞伊比拉從海中出現，哥吉拉、伊比拉南海的大決鬥展開，最後伊比拉不敵，斷了隻螯逃回海裡去了。

   打勝仗的哥吉拉回到島上，翌日上午，有隻大鳥侵襲哥吉拉，但牠發出熱線就把大鳥轟進海裡了。接著，赤之竹派出戰機轟炸哥吉拉，也被紛紛擊落。之後，G開始破壞赤之竹的基地，雖然基地壞滅，不過赤之竹卻啟動了核爆裝置，企圖將哥吉拉與這個島一起消滅。

   就在核彈即將爆炸時，摩斯拉及時趕到，將原住民及其他人接走，哥吉拉也跳海逃生，最後在早晨的霞光中，摩斯拉載著他們返回印番特島。