強烈的颱風屏瑪侵襲名古屋海岸週邊。隔日早上一顆巨大的蛋出現在小漁村的海面上，漁民把蛋撈上岸並賣給一位貪心的娛樂事業家-雄山。他計畫建造一個孵卵器把蛋孵化來當他樂園的廣告。這時印番特島的雙胞胎小美人出現，宣稱蛋是摩斯拉的，要求人類儘快歸還，但是雄山不但拒絕歸還還意圖抓住小美人，她們便逃跑到森林裡而遇到兩位記者(每朝新聞的酒井和純子)與一位科學家。小美人告訴他們，強烈颱風帶走了摩斯拉的蛋，希望人們盡快歸還，以免蛋孵化給人類帶來大災難。雄山堅拒三人的要求，巨型孵蛋器就圍繞在蛋的四周。

   哥吉拉突然從倉田濱干拓地的地下出現，將四日市工業地帶破壞，其後更轉向名古屋，當地的著名建築-名古屋電視塔及名古城堡崩毀，蹂躪完名古屋，牠轉向西沿著海岸移動。

   由於人類無法阻止哥吉拉，記者與科學家乃前去被核爆弄得傷痕壘壘的印番特島請求摩斯拉幫助。本來當地土著並不答應，但經過一番慷慨激昂辯護，兩位小美人終於首肯，她們祈求摩斯拉幫忙，但力道恐怕不太夠，因為摩斯拉的生命週期即將結束。

   當哥吉拉即將接近樂園時，中村謀殺雄山帶走公司資金逃亡，但他也被倒塌的飯店壓死了。哥吉拉逼近蛋，牠感覺有什麼東西在裡面，於是便破壞孵卵器意圖打碎蛋，所幸摩斯拉及時趕到，鼓起強風把哥吉拉吹得一直後退，接著牠抓住牠的尾巴把牠拖到安全距離外。摩斯拉攻擊G的頭部，使牠失去平衡跌倒在地。摩斯拉運用強風限制G的行動，在以毒鱗粉進攻。G無助地在地上打滾，忽然一陣熱線掃到摩斯拉，M使用牠最後的力氣死在蛋上，獲勝的哥吉拉再度向蛋前進。

   夜晚降臨，防衛隊的電擊作戰也失敗了，隔日清晨在小美人祈禱的歌聲中，蛋孵化出兩條摩斯拉幼蟲，牠們跟著哥吉拉渡海來到伊吾島。在島上，皤斯拉幼蟲吐絲將哥吉拉團團包圍，終於使哥吉拉掉入海中!所有人在日出中目送幼蟲游回印番特島