海洋漁業的月岡和小林駕駛追蹤鮪魚的飛機由於引擎故障迫降在岩戶島上；當他們將故障修復準備離開時，他們目擊到恐龍與一隻背上長有棘刺的巨獸的大戰鬥，牠們兇猛地互相攻擊，最後雙雙落入海中。

  受到驚嚇的兩位職員回到大阪後將所見之事報告給山根博士知道，自衛隊官員招集來聽取證辭。根據兩人的描述，確認其中一隻是哥吉拉的一種，而另一頭應該是安基拉斯。山根博士對如何打敗這兩隻怪獸感到悲觀，因為唯一利器-水中氧氣破壞劑已被芹澤博士銷毀。

  哥吉拉被城市的燈光吸引而由大阪灣上陸。其間，大阪實施嚴格的燈火管制，居民也徹退一空。本來自衛隊使用巨大響聲成功地使牠轉移注意力並回到海裡，但是有幾位囚犯趁疏散時逃獄，他們搶了部油罐車。為逃避警方追捕，他們瘋狂地駕車橫越大阪市區，由於車速過快，油罐車一時失控撞進煉油廠，引發大爆炸。巨大的爆炸聲吸引了哥吉拉的注意，於是牠又開始向城市前進。這場大爆炸同樣引起安基拉斯的注意，朝著大阪方向前來，於是當兩頭巨獸相遇時，再度展開一場戰鬥。牠們互相抓咬穿刺，無疑地，牠們的祖先在百萬年前也曾做過同樣的事吧！這時牠們來到古大阪城下，哥吉拉把安基拉斯用力一推，大阪城堡應聲倒塌。由於體力耗盡，安基拉斯想逃跑，但是哥吉拉咬住牠的脖子不放，於是安基拉斯的屍體便路落入河中。哥吉拉贏了.....

  哥吉拉回到海中失去蹤跡。日本軍民拼命地尋找牠。最後月岡發現哥吉拉在北海道海面的神子島上陸，他經由小林的飛機向自衛隊發出哥吉拉的位置。為了使哥吉拉在軍隊到來之前翻落大海，小林用他的小飛機發出的嗡嗡聲引誘哥吉拉朝向死亡峽谷。但是引誘到一半時，哥吉拉放射熱線攻擊小飛機，著火的飛機墜落山腰引發雪崩，小林罹難。但是這場失敗的行動卻給月岡一個靈感，他告訴軍機要求他發射火箭引起雪崩。終於，哥吉拉被埋在積雪底下了。